研究表明 ，紫外線主要是通過對微生物（細菌 、病毒 、芽孢等病原體）　的輻射損傷和破壞核酸的功能使微生物致死 ，從而達到消毒的目的 。紫外線對核酸的作用可導致鍵和鏈的斷裂 、股間交聯和形成光化產物等 ，從而改變了ＤＮＡ的生物活性 ，使微生物自身不能複製 ，這種紫外線損傷也是致死性損傷 。
用紫外線可以殺滅包括細菌繁殖體 、芽胞 、分支杆菌 、冠狀病毒 、真菌 、立克次體和衣原體等 ，凡被上述病毒汙染的物體表麵 、水和空氣 ，均可采用紫外線消毒 。紫外線消毒殺菌用途很廣 ，適用於遊泳館 、醫院 、學校 、托兒所 、電影院 、公交車 、辦公室 、家庭等淨水消毒 ，殺菌滅菌 ，它能淨化空氣 ，消除黴味 ，此外還能產生一定量的負氧離子 ，經紫外線消毒的房間 ，空氣會更清新 。
紫外線殺菌器殺菌的原理就是采用紫外線的燈管所射發出的輻照強度 ，並且還與被照物品的距離是成反比 。所以當輻照強度到達一定的時候 ，被照的物品停留的時間越久 ，它所離殺菌燈管就越近 ，其殺菌效果愈好，反之愈差 。
當然 ，紫外線殺菌器本身也有它的優點和缺點 ：（一）紫外線殺菌器的優點１．殺菌快速且效果好 ，在一到二秒就可以達到百分之９９的殺菌率 ；２．具有高效的殺菌廣譜性能 ，對任何微生物細菌都具有殺菌效果 ，還能能降低臭味和降解微量有機物 ；３．能對空氣 、水等流體殺菌 ，且安全可靠 ；４．不會對水體和周圍環境產生二次的汙染 ，環保性強 ，不會產生毒副作用 ；５．投資成本和運行費用低 ，在維護上麵的費用也比較低 ；６．設備占地麵積小 ，操作簡單 ，安裝也方便 ；７．消毒效果受水溫 、ｐＨ影響小 。（二）紫外線殺菌器的缺點１．殺菌範圍隻限於紫外線所能照射的部分 ，對物體的後側 、內部不能殺菌 ；２．殺菌線對人和動物的眼睛 、皮膚有損害 ，會使物體變色 、退色 ；３．無持續殺菌能力 ，消毒後的水或物體遇到新的汙染源會再次被汙染 ；４．紫外燈套管容易結垢 ，影響紫外光的透出和殺菌效果 ，因此需要對套管進行定期的清洗以及采取表麵降溫措施來防止管垢的形成 。
另外 ，使用紫外線殺菌器的注意事項需了解 ：１ 、紫外線不能直接照射到人體的肌膚 ；２ 、紫外線對工作環境的溫度和濕度有一定的要求：在２０℃以上 ，照射強度較穩定 ；在５～２０℃之間 ，隨溫度的上升照射強度增加 ；相對濕度６０％以下時 ，殺菌能力較強 ，濕度增至７０％時 ，微生物對紫外線的敏感性降低 ，濕度增至９０％時 ，殺菌力衰退３０％～４０％ ；３ 、對水進行消毒時 ，水層厚度均應小於５０ｐｘ ，水流過時接受９００００ＵＷ．Ｓ／ｃｍ２以上的照射劑量才能使水達到有效消毒 ；４ 、紫外燈管和套管表麵有灰塵和油汙時 ，會阻礙紫外線透過 ，因而應經常（一般兩周一次）以酒精丙酮 、氨水作擦拭 ；５ 、燈管啟動時 ，加溫至穩定狀態需數分鍾 ，端電壓較高 。關閉後若立即重開 ，常常較難啟動 ，且易損壞燈管並減少燈管使用壽命 ，故一般不宜頻繁啟動 。